Ubicada dos años después del juego, la historia se desarrolla en una época en que una misteriosa plaga, llamada Planet's Scar Syndrome (Síndrome de Cicatriz del Planeta), cuyos síntomas aun no son relevados, empieza a hacer efecto afectando todo el planeta a la vez. Además de que se detectan extrañas fluctuaciones en el Cráter del Norte.
En el transcurso de la película, tres hombres se aparecen ante Cloud, cada uno de ellos con un increíble parecido a Sephiroth.
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